Notes

groファイルをC言語でとにかく読み込む方法

• primitive grofile reader (github)

マルコフ連鎖関連 Markov chains

• マルコフ状態モデル, Markov state model (pdf file)

• 連続時間マルコフ連鎖覚え書き

pythonのTIPS

• numba.jit vs scipy (post on Qiita)

gnuplotのTIPS

• gnuplotの線の色に関するTIPS
• gnuplotで乱数列とそのヒストグラムを計算
• ギリシャ文字などをUTF8で利用するためにした遠回りについて (post on Qiita)

物理量の単位や表し方

• 物理量の単位と表し方など

• 物理定数と単位の換算（エネルギー）

多次元配列の指数と一次元配列の指数の換算法

• 多次元配列の指数と一次元配列の指数の換算法

分子動力学シミュレーションやモンテカルロ法の参考書

• 岡崎進，吉井 範行，「コンピュータ・シミュレーションの基礎（第2版）: 分子のミクロな性質を解明するために」(化学同人, 2011).
• Bernd A. Berg, "Markov Chain Monte Carlo Simulations and Their Statistical Analysis," (World Scientific, Singapore, 2004).
• Daan Frenkel and Berend Smit, "Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications," (Academic Press, 2001).

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